Cassiopee
1.0
Suffix indexer and search tool
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Classes
Files
Class List
Class Index
Class Members
All
Functions
Variables
a
c
d
f
g
i
l
m
n
o
p
r
s
t
Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:
- a -
ambiguity :
CassieSearch
- c -
c :
TreeNode
CassieIndexer() :
CassieIndexer
CassieSearch() :
CassieSearch
- d -
del :
Match
do_reduction :
CassieIndexer
- f -
filltree() :
CassieIndexer
- g -
getCharAtSuffix() :
CassieIndexer
getSuffix() :
CassieIndexer
getTree() :
CassieIndexer
graph() :
CassieIndexer
- i -
in :
Match
index() :
CassieIndexer
index_loaded_from_file() :
CassieIndexer
isequal() :
Ambiguous
,
CassieSearch
- l -
load() :
CassieIndexer
- m -
match_limits :
CassieSearch
matches :
CassieIndexer
,
CassieSearch
max_depth :
CassieIndexer
max_indel :
CassieSearch
max_index_depth :
CassieIndexer
max_subst :
CassieSearch
mode :
CassieSearch
- n -
next_length :
TreeNode
next_pos :
TreeNode
nmax :
CassieSearch
- o -
operator==() :
Match
- p -
positions :
TreeNode
- r -
removeDuplicates() :
CassieSearch
- s -
save() :
CassieIndexer
search() :
CassieSearch
sort() :
CassieSearch
subst :
Match
- t -
transform_fasta() :
CassiopeeUtils
TreeNode() :
TreeNode
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1.8.11