HTS JDK API Documentation

Packages

Package	Description
htsjdk.samtools
htsjdk.samtools.apps
htsjdk.samtools.cram
htsjdk.samtools.cram.build
htsjdk.samtools.cram.common
htsjdk.samtools.cram.digest
htsjdk.samtools.cram.encoding
htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman
htsjdk.samtools.cram.encoding.huffman.codec
htsjdk.samtools.cram.encoding.rans
htsjdk.samtools.cram.encoding.reader
htsjdk.samtools.cram.encoding.readfeatures
htsjdk.samtools.cram.encoding.writer
htsjdk.samtools.cram.io
htsjdk.samtools.cram.lossy
htsjdk.samtools.cram.ref
htsjdk.samtools.cram.structure
htsjdk.samtools.example
htsjdk.samtools.fastq
htsjdk.samtools.filter
htsjdk.samtools.liftover
htsjdk.samtools.metrics
htsjdk.samtools.reference
htsjdk.samtools.seekablestream
htsjdk.samtools.sra
htsjdk.samtools.util
htsjdk.samtools.util.ftp
htsjdk.samtools.util.zip
htsjdk.tribble
htsjdk.tribble.annotation
htsjdk.tribble.bed
htsjdk.tribble.example
htsjdk.tribble.exception
htsjdk.tribble.gelitext
htsjdk.tribble.index
htsjdk.tribble.index.interval
htsjdk.tribble.index.linear
htsjdk.tribble.index.tabix
htsjdk.tribble.readers
htsjdk.tribble.util
htsjdk.tribble.util.popgen
htsjdk.variant.bcf2
htsjdk.variant.utils
htsjdk.variant.variantcontext
htsjdk.variant.variantcontext.filter
htsjdk.variant.variantcontext.writer
htsjdk.variant.vcf